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Nació en una familia de clase trabajadora de Praga en 1936 y estudió química orgánica en la Facultad de Matemáticas y Física de la Universidad Carolina de Praga. Tras sus estudios, ingresó en el Instituto de Química Orgánica y Bioquímica de la Academia Checoslovaca de las Ciencias: de aspirante pasó a investigador y su carrera avanzó por altos cargos hasta llegar a director del Instituto. Pertenece a la lista mundial de Stanford del 2% de los científicos más citados.

Desde 1976 colabora con Erik De Clercq, de la Universidad Católica de Lovaina (Bélgica). Juntos son autores de 15 patentes. Gracias a las patentes y licencias de las investigaciones de Antonín Holý y su equipo, más de 2.000 millones de coronas de la empresa farmacéutica estadounidense siguen entrando en el presupuesto de la ciencia checa. Los medicamentos desarrollados se utilizan después en todo el mundo.