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Né à Prague en 1936 dans une famille ouvrière, il a étudié la chimie organique à la faculté de mathématiques et de physique de l'université Charles de Prague. Après ses études, il a rejoint l'Institut de chimie organique et de biochimie de l'Académie tchécoslovaque des sciences. D'aspirant, il est devenu chercheur et sa carrière s'est poursuivie à des postes de direction jusqu'à celui de directeur de l'Institut. Il figure sur la liste mondiale de Stanford des 2 % de scientifiques les plus cités.

Depuis 1976, il collabore avec Erik De Clercq de l'Université catholique de Louvain, en Belgique. Ensemble, ils sont les auteurs de 15 brevets. Grâce aux brevets et aux licences issus des recherches d'Antonín Holý et de son équipe, plus de 2 milliards de couronnes de la société pharmaceutique américaine continuent d'alimenter le budget de la science tchèque. Les médicaments développés sont ensuite utilisés dans le monde entier.