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Nasceu numa família da classe operária em Praga, em 1936, e estudou química orgânica na Faculdade de Matemática e Física da Universidade Charles, em Praga. Depois da escola, entrou para o Instituto de Química Orgânica e Bioquímica da Academia de Ciências da Checoslováquia - de aspirante passou a investigador e a sua carreira progrediu através de cargos superiores até ao de diretor do Instituto. Pertence à lista mundial de Stanford dos 2% de cientistas mais citados.

Desde 1976, colabora com Erik De Clercq da Universidade Católica de Leuven, Bélgica. Em conjunto, são autores de 15 patentes. Graças às patentes e licenças resultantes da investigação de Antonín Holý e da sua equipa, mais de 2 mil milhões de coroas da empresa farmacêutica americana continuam a entrar no orçamento da ciência checa. Os medicamentos desenvolvidos são utilizados em todo o mundo.